PHP5.3.3にして以下のエラーが出るようになったので、php.iniを修正しました。
Warning: phpinfo() [function.phpinfo]: It is not safe to rely on the system's timezone settings. You are *required* to use the date.timezone setting or the date_default_timezone_set() function. In case you used any of those methods and you are still getting this warning, you most likely misspelled the timezone identifier. We selected 'Asia/Tokyo' for 'JST/9.0/no DST' instead in /XXX
修正した内容は
date.timezone = Asia/Tokyo
ただ、これだけだと認識せずに手間取りました。configure時に –with-config-file-path=を指定しなかった為、PREFIX/libのphp.iniを探していたようです。とりあえず、php起動時にphp.iniを指定することで回避しました。
/usr/local/bin/php-cgi --php-ini /etc/php5/cgi/php.ini